Pada tahun 1995, Tatu Ylönen, seorang peneliti di Helsinki School of Technological innovation, Finlandia, merancang versi pertama protokol (sekarang disebut SSH-1) karena didorong oleh peristiwa serangan pembongkaran sandi di jaringan universitas. Tujuan di pembuatan SSH bila menggantikan fungsi rlogin, TELNET, dan rsh protokol, belum memberikan otentikasi kuat atau menjamin kerahasiaan. Ylönen merilis SSH sebagai free application pada bulan Juli 1995, dan device berkembang dengan cepat bila mendapatkan popularitas. Menjelang akhir 1995, foundation pengguna SSH telah tumbuh hingga 20.000 pengguna di lima puluh negara.
Pada bulan Desember 1995, Ylönen mendirikan SSH Emails Protection bila memasarkan dan mengembangkan SSH. Versi asli di application digunakan SSH segala potongan perangkat lunak bebas, seperti GNU libgmp, tetapi versi dikeluarkan oleh Protected SSH Emails semakin berkembang menjadi perangkat lunak berpemilik.
Pada tahun 1996, sebuah versi revisi protokol dirancang, SSH-2, belum cocok dengan SSH-1. Fitur SSH-2 mencakup tergampang fitur keamanan dan peningkatan perbaikan atas SSH-1. Keamanan lebih baik, misalnya, datang melalui algoritma pertukaran kunci Diffie-Hellman dan pemeriksaan dengan integritas kuat melalui kode otentikasi pesan. Fitur baru di SSH-2 mencakup kemampuan bila menjalankan sejumlah sesi spend melalui satu koneksi SSH.
Pada tahun 1998 ditemukan kerentanan digambarkan dalam 1,5 SSH sehingga memungkinkan masuknya konten belum sah ke dalam aliran information SSH terenkripsi karena integritas information belum mencukupi perlindungan di CRC-32 digunakan dalam protokol versi ini. Sebuah perbaikan (SSH Compentation Strike Detector) diperkenalkan ke dalam beragam implementasi.
Pada tahun 1999, pengembang menginginkan versi perangkat lunak bebas bila tersedia kembali seperti rilis 1.2.12, lebih tua di system ssh asli, terakhir dirilis di bawah lisensi free. OSSH Björn Grönvall ini kemudian dikembangkan berdasarkan foundation kode ini. Tak lama kemudian, para pengembang OpenBSD menggunakan kode Grönvall bila melakukan pengembanga lebih luas di atasnya, sehingga terciptalah OpenSSH, dimasukkan dalam rilis OpenBSD 2.6. Dari versi ini, sebuah cabang "portable" dibentuk bila dapat memportingkan OpenSSH pada sistem operasi lain.
Diperkirakan, sejak tahun 2000, terdapat lebih di 2.000.000 pengguna SSH.
Pada tahun 2005, OpenSSH satu-satunya aplikasi ssh paling populer, diinstal secara standard dalam sejumlah besar sistem operasi. Untuk itu, OSSH telah menjadi usang.
Pada tahun 2006, protokol SSH-2 telah disebutkan di atas, diusulkan bila menjadi Standar Online dengan penerbitan oleh IETF "secsh" perform team di RFC (lihat referensi).
Pada tahun 2008 sebuah kelemahan kriptografi ditemukan pada SSH-2 memungkinkan pengambilan sampai 4 byte plaintext di aliran information SSH tunggal di bawah kondisi khusus. Namun hal ini telah diperbaiki dengan mengubah method enkripsi standar OpenSSH 5,2
