Semua Paket-paket software Ubuntu bersumber dari paket tidak stabil Debian; Ubuntu memakai format paket dan manajemen paket Debian (APT dan Synaptic). Paket Debian dan Ubuntu biasa tidak cocok. Paket Debian sering kali perlu dibuat ulang dari source agar dapat dipakai di Ubuntu, begitu juga sebaliknya. Ubuntu bekerja sama dengan Debian untuk berusaha agar perubaha-perubahan sistem Ubuntu mengarah kembali ke Debian, namun hal ini hampir tak terlaksana. Penemu Debian, Ian Murdock, pernah berkata bahwa paket Ubuntu berpotensi mengarah terlalu jauh dari Debian. Sebelum setiap rilis Ubuntu, paket-paket diambil dari paket tidak stabil Debian dan digabung dengan modifikasi Ubuntu. Sebulan sebelum perilisan, pengambilan paket dihentikan dan kerja selanjutnya adalah memastikan paket-paket yang sudah diambil bekerja dengan baik.
